Kararın ardından Gergerlioğlu, Ankara'daki evine giden TEm ekipleri tarafından gözaltına alındı. Gözaltına alınmadan önce konuşan Ömer Faruk Gergerlioğlu, ""Polisler Kocaeli Cumhuriyet Başsavcılığı'nın yakalama kararını getirdiler. Kapıdalar, kendilerine 'Buyrun içeri gelin, biraz hazırlanayım' dedim. Ama içeri girmediler. Ben de hazırlıklarımı yapıyorum. Az sonra gideceğiz" şeklinde konuştu.
Gergerlioğlu, milletvekili seçilmeden önce yargılandığı Kocaeli 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 21 Şubat 2018 tarihinde terör örgütü 'PKK/KCK propagandası yapmak' suçundan hapis cezasına çarptırılmıştı.